Vua Trò Chơi là câu chuyện xoay quanh nhân vật Muto Yugi, một học sinh nhút nhát tại trường Domino. Yugi là cháu nội của Muto Sugoroku, một kiện tướng chơi trò chơi có tiếng tăm. Từ khi còn nhỏ, ông Sugoroku đã dạy Yugi chơi nhiều loại trò chơi và tặng cậu một bộ xếp hình đặc biệt.
Trong suốt gần bảy năm, Yugi đã cố gắng lắp ráp bộ xếp hình này thành Trò chơi Ngàn năm. Tuy nhiên, cậu đã gặp trở ngại lớn khi một mảnh chính của trò chơi bị Jonouchi Katsuya, một bạn học, chơi xỏ và ném xuống nước. Dù gặp khó khăn, Yugi vẫn không bỏ cuộc và tiếp tục tìm kiếm cách hoàn thành bộ xếp hình.
Một lần, khi Yugi bảo vệ Jonouchi khỏi một đội trưởng đội kỉ luật có tính cách hung hãn, họ đã trở thành bạn bè. Cảm kích trước anime vietsub hành động của Yugi, Jonouchi đã lặn xuống nước và lấy lại mảnh chính của Trò chơi Ngàn năm, sau đó đưa lại cho ông nội của Yugi.
Nhờ vào sự giúp đỡ của Jonouchi và những kinh nghiệm từ ông nội, Yugi dần dần khám phá ra sức mạnh của Trò chơi Ngàn năm, từ đó mở ra những cuộc phiêu lưu mới trong thế giới của Yu-Gi-Oh! Duel Monsters.