Ba mươi năm trước, Trái Đất đã phải đối mặt với một cuộc tấn công tàn khốc từ người ngoài hành tinh, đẩy nhân loại đến bờ vực tuyệt chủng. Kể từ đó, con người đã phải nỗ lực không ngừng để bảo vệ sự sống, chiến đấu với những kẻ xâm lược nhằm giành lại từng tấc đất. Để đối phó với mối đe dọa này, Liên Hợp Quốc đã thành lập tổ chức EXCEEDS, chuyên trách ngăn chặn các nguy cơ từ bên ngoài.
Trên một hòn đảo xa xôi, giữa những hỗn loạn của thế giới, có một thợ săn trẻ tên là Shiina. Cô luôn mơ ước có một cuộc sống bình yên bên người em gái của mình, Setsuna. Tuy nhiên, mọi thứ đã thay đổi khi một sự cố bất ngờ xảy ra, cuốn cô vào cuộc chiến vĩ đại của nhân loại.
Cuộc chiến không chỉ là cuộc chiến sinh tồn mà còn là cuộc chiến vì tương lai của chính nhân loại, nơi mà mỗi lựa chọn đều có thể quyết định số phận của hàng triệu người. Shiina sẽ phải đối mặt với những thử thách khó khăn và khám phá sức mạnh tiềm ẩn bên trong mình.
Thiếu Nữ Phép Thuật Nanoha EXCEEDS không chỉ là một câu chuyện về chiến tranh và sự sống còn, mà còn là hành trình tìm kiếm bản thân và những giá trị đích thực trong cuộc sống. Câu chuyện sẽ anime hay dẫn dắt người xem vào một thế giới đầy màu sắc và cảm xúc, nơi mà tình yêu và hy vọng vẫn luôn tồn tại ngay cả trong những lúc khó khăn nhất.